王伏雄等（1979年）通过胚胎发育和解剖结构方面研究，讨论了红豆杉科的系统位置，发现红豆杉科的原胚发育属于标准型，除榧树属兼具有裂生多胚外，其他各属均为简单多胚。多数属的雌配子体经8或9次分裂后形成细胞。本科植物的木材的交叉场纹孔多属柏木型，稀为杉木型：无射线管胞，树脂道缺如。树皮除曼地亚红豆杉尚未观察外，其余4属均具有含韧皮纤维。认为红豆杉科成为一个自然群是不成问题的，但应置于松杉目之下。
王海洋等（1994年）对红豆杉科植物各属雌性生殖器官发育和结构研究认为，松杉纲可分为两个目：松杉目和红豆杉目。
王海洋等对红豆杉科植物解剖结构研究，通过50个特征进行聚类分析，其结果支持红豆杉科5个属植物应分为4个族的主张，红豆杉族、澳洲红豆杉族（Awtr0把zeo。）、穗花杉族和榧树族。
叶能干等（1996年）从幼苗形态学特征探讨红豆杉科各树问的系统演化。
红豆杉子叶出土萌发，属松型杉亚型。植株纤细，下胚轴不增粗。子叶2片，薄，其中部切面略呈梭形，中脉处稍厚。表皮细胞的表面观多呈近长方形，或不规则多边形，排列紧密。上表皮无气孔，或有散生的气孔；下表皮有两条气孔带，各约有5列气孔；在气孔带处有些副卫细胞的外壁向外凸出成不分岔的角质钉，气孔单环行，副卫细胞5～7个。叶肉有分化，栅栏组织一层，其细胞短或呈乳突状，海绵组织的细胞多近圆形，叶肉细胞中的质体为正常的叶绿体，对PAS为副反应；在叶肉组织之间有或无单宁细胞。维管束1条，稍窄，维管束鞘不明显，传输组织红豆杉型，无树脂道。
红豆杉属的起源虽然可追溯到侏罗纪，但种间的形态差异较小，无论是红豆杉属的分类还是种间的演化关系至今都不十分清楚。高连明等[全国系统与进化植物学研讨会（11），2006]以白豆杉属为外类群，对红豆杉属所有现存的9种2变种的43个样品的核糖体基ITs片段和叶绿体基因trnL—F区序列进行了系统发育分析，构建系统树来探讨种间系统发育关系，并为红豆杉属植物的分类和物种划分提供分子证据。
分子系统学的分析结果表明，红豆杉属为一单系类群，与白豆杉属分化较早。无论基于ITs序列和trnL—F区序列的单独分析还是联合数据分析，产于北美东南部的佛罗里达红豆叶红豆杉（Z'axus正tuna），产于东喜马拉雅的须弥红豆杉（Taxus wallichiana var.wallic：。ana），产于我国台湾和菲律宾的南洋红豆杉（Taxus sumatrana）及分布于华中大巴山脉的豆杉（Taxus wallichiana var.chinensis）和产于云南东南部和越南北部的红豆杉各自形成稳的分支并得到较高的支持率。北美的短叶红豆杉（2~axus brev彰'glia）、Taxw.∥oridana和Taaglobasa亲缘关系较近，构成一个分支并得到强烈的支持，但并没有与同产北美的Taacanadensis形成相同的分支，种间关系不明确。欧洲红豆杉与东北红豆杉的关系密切，在I和联合数据分析中形成姐妹群关系。密叶红豆杉的种级地位得到支持，但与其他种间的系没有得到解决。须弥红豆杉形成一稳定的分支，作为一个种得到支持，而不支持将红豆和南方红豆杉作为须弥红豆杉的变种处理。产于东亚的红豆杉、南方红豆杉和南洋红豆构成一个大的分支（ITs和联合数据分析），形成一种群复合体，在分支存在6条明显的种线，可能是这一种群复合体在不同的分布地通过辐射演化形成的。
